Фамилия Якищенко звучит как типичная украинская фамилия, и это действительно так. Её основа — имя Якищ, которое является разговорной формой крестильного имени Иаким (в русской традиции — Иоаким, в народном произношении — Яким). Суффикс -енко в украинской ономастике — это классический патронимический показатель, который означает «сын» или «потомок». Таким образом, Якищенко буквально означает «сын Якища». Форма на -щ- в основе (Якищ вместо Яким) возникла в результате народного произношения: имя Яким в некоторых говорах приобрело экспрессивный или уменьшительный оттенок через суффикс -ищ, что дало Якищ.

Сама модель образования фамилии — от имени через отчество — одна из самых распространённых на Левобережной Украине, особенно в Черниговской, Полтавской и Сумской областях. В XVII–XVIII веках казацкая старшина и мещане активно использовали суффикс -енко для закрепления родового прозвища. Поэтому предок носителя фамилии Якищенко мог быть казаком, крестьянином или мещанином, которого в документах записали по отцу — Якищу.

Интересно, что фамилия Якищенко встречается реже, чем более привычная Якименко (от той же основы Яким, но с суффиксом -енко без наращения -щ-). Разница в суффиксе говорит о диалектной или семейной традиции произношения: в одних родах имя Яким перешло в Якищ, в других осталось без изменений. В русских переписях XIX века фамилия фиксировалась преимущественно на территории Малороссии и Новороссии, что подтверждает её южнорусское происхождение.

С точки зрения сословной принадлежности, Якищенко — фамилия, не имевшая аристократической окраски. Она не встречается среди дворянских родов, внесённых в родословные книги, а типична для крестьянского и казачьего населения. В современных справочниках фамилия нередкая, но и не массовая: её носители рассеяны по Украине и югу России, с заметным скоплением в Харьковской и Днепропетровской областях.