Фамилия Якосенко образована по той же продуктивной модели, что и тысячи других украинских фамилий на -енко. Суффикс -енко в XVI–XVII веках закрепился в Поднепровье и на Левобережной Украине как основной патронимический показатель. Первоначально он означал «сын» или «потомок»: Якосенко — это буквально «сын Якоса». Ключевой вопрос — что скрывается за основой Якос-.

Самая вероятная версия: основа Якос — это народная, разговорная форма крестильного имени Яков. В украинской среде имя Яков давало множество производных: Яцко, Ясько, Якуш, Яцик. Форма Якос могла возникнуть как вариант с суффиксом -ос, который иногда появлялся в уменьшительно-ласкательных или просторечных вариантах. Если так, то предок носителя фамилии был сыном человека по имени Якос, то есть Якова.

Есть и менее очевидная версия. В южнорусских и украинских говорах слово «якось» означало «как-то», «кое-как». Теоретически прозвище Якось могли дать человеку нерадивому или, наоборот, тому, кто делал всё по-своему, на свой лад. Но эта гипотеза слабее: патронимическая модель на -енко почти всегда отталкивается от личного имени, а не от наречия. Прозвища от наречий в этой модели редки и требуют дополнительных доказательств, которых по фамилии Якосенко нет.

Фамилия встречается преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в Сибири. В России она редка, но фиксируется, особенно в регионах, куда шли миграционные потоки с Украины в XIX–XX веках. Сословной привязки у Якосенко нет: фамилию мог носить и казак, и крестьянин, и мещанин. Одно можно сказать с уверенностью: её появление относится к тому времени, когда украинская фамильная система активно оформлялась через суффикс -енко, и в основе лежало имя, пусть и в не самой привычной для русского уха форме.