Фамилия Якусенко — типичный пример украинской фамилии, образованной по модели, которая до сих пор активно работает в восточнославянской ономастике. В основе лежит крестильное имя Яков (древнееврейское Иаков, «держащийся за пяту»), в его украинской народной форме Якусь. Суффикс -енко здесь указывает на прямое родство: буквально «Якусенко» означало «сын Якуся» или «потомок Якуся». В украинской традиции фамилии на -енко массово закрепились в XVI–XVII веках, сначала у казацкой старшины и мещан, а затем и у крестьян.

Интересно, что основа Якусь — это не просто уменьшительное от Яков, а именно разговорная, бытовая форма, характерная для центральных и левобережных регионов Украины. Если бы фамилия возникла в западных областях, скорее всего, мы бы увидели вариант Яцук или Яковец. А если бы в России — то Яковлев. Таким образом, Якусенко географически привязана к территории современной Центральной и Восточной Украины, особенно к Полтавщине, Черкащине и Слобожанщине.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в одном ряду с Гриценко, Гнатусенко, Демьяненко — все они образованы от кратких обиходных форм имён. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в русской традиции указывали на принадлежность к отцу (чей сын), суффикс -енко в украинской среде чаще фиксировал именно родовое прозвище, передаваемое детям как наследственное. Поэтому предок-носитель фамилии Якусенко мог быть сыном человека по прозвищу Якусь, но уже его внуки и правнуки носили фамилию как родовое имя, не связанное с конкретным отцом.

В документах XVIII–XIX веков фамилия встречается в реестрах казаков, а позже — среди крестьян и мещан. Сословной элиты среди Якусенко не было: это фамилия людей, чьи предки были простыми казаками или свободными сельскими обывателями. В советское время фамилия распространилась по всему СССР вместе с миграцией украинского населения, но её концентрация остаётся высокой в исходных регионах.

Есть и редкая версия, что Якусенко могло образоваться от прозвища Якус, связанного с диалектным словом «якус» — «еда» или «кусок» (от «ясти» — есть). Но она слабо обоснована: в украинских говорах такое значение не зафиксировано, а имя Яков даёт гораздо более прозрачную и естественную этимологию.