Фамилия Якусов — одна из тех, где за простой основой скрывается неочевидная история. Вопреки первому впечатлению, её корень, скорее всего, не связан с животным «як» или с глаголом «якать» (говорить «я»). Самая вероятная версия — происхождение от крестильного имени Иаков (церковная форма библейского Иакова). В русском быту это имя дало десятки производных форм: Яков, Яша, Якуня, Якуш, Якуха. Фамилия Якусов образована от одной из них — Якус, с помощью стандартного патронимического суффикса -ов. То есть буквально «сын Якуса», а Якус — это сокращённый, домашний вариант имени Яков.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, сложившуюся в XVI–XVII веках в среде служилых людей и крестьян. Но есть и альтернативная, менее распространённая версия. В некоторых говорах «якус» могло быть прозвищем для человека с резким, «кусачим» языком, от диалектного «якуша» — задира, спорщик. Однако эта гипотеза слабее: прозвищной суффикс -ус в русском языке редок, а вот имя Якус — вполне обычное для старых документов. В писцовых книгах XVI века встречаются записи о крестьянине Якусе, и именно от них пошла фамилия.

Географически фамилия Якусов тяготеет к центральным и северным регионам России: чаще всего её носители встречались в бывших Ярославской, Костромской и Вологодской губерниях. Там имя Яков было одним из самых популярных, и его уменьшительные формы дали целое гнездо фамилий: Яковлев, Якушев, Якунин, Якушин. Якусов стоит в этом ряду как вариант, образованный от более редкой краткой формы. Интересно, что из-за звукового сходства фамилию иногда путают с тюркскими фамилиями на -ов (например, от имени Якуб), но для русских Якусовых этимология однозначно славянская.

По сословной принадлежности предки Якусовых были в основном крестьянами или посадскими людьми. Фамилия не дворянская и не купеческая — в родословных книгах она не встречается. Зато в метрических книгах XIX века Якусовы часто записаны как государственные крестьяне или мещане небольших уездных городов. Таким образом, фамилия хранит память о простом человеке по имени Якус, которого в быту звали сокращённо, а его потомков — по отцу.