Фамилия Яковишак — редкий пример фамилии, образованной не от прямого патронима (сын Якова), а от уменьшительно-ласкательной формы имени Яков с добавлением западнославянского суффикса. В основе лежит имя Яков (церковное Иаков), а конкретнее — его диалектная или обиходная производная форма Яковиш. Суффикс -ак в фамилиях часто указывает на принадлежность или характерный признак: Яковишак буквально означает «потомок или человек Яковиша», то есть того, кого в быту называли ласково или пренебрежительно Яковиш (аналог русских Яковка, Якуш, Яша).

Фамилия звучит как типичная для западных регионов славянского мира — Польши, Беларуси, Западной Украины. Формант -ак здесь нередок: ср. поляков Якубяк, Войдяк, или белорусские фамилии вроде Коваляк, Хомяк. В отличие от русских фамилий на -ов/-ин, модель на -ак не закрепилась в центральной России, а бытовала в зонах польского или литовского влияния. Поэтому носитель фамилии Яковишак, скорее всего, имеет корни из западных областей бывшей Речи Посполитой — современной Польши, Брестчины или Гродненщины.

Обратим внимание на редкость основы. В отличие от массовых Яковлев, Яковенко, Якубов, фамилия Яковишак построена на уникальной промежуточной форме Яковиш. Этот вариант не зафиксирован в популярных ономастических словарях как самостоятельное прозвище, что говорит о локальном, почти деревенском происхождении: так могли называть конкретного Якова в одной местности, а потом фамилия закрепилась за его потомками. Споров о корне нет — имя Яков общеизвестно, а суффикс -ак ясен, но точная география бытования Яковишак требует проверки по региональным переписям.

Социально фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянские фамилии в этой части Европы обычно оформлялись через -ский/-цкий, а простые люди получали именования по отцу с суффиксом -ак. В XIX веке при унификации фамилий в Российской империи такие формы могли записываться как есть, без русификации, что сохранило их оригинальное звучание.