Фамилия Яковишен — редкий пример отчества, образованного не по самой распространённой восточнославянской модели. Если бы фамилия звучала как Яковишин или Яковищев, вопросов бы не возникло: суффикс -ин или -ев указывал бы на принадлежность «сыну Яковища» (от прозвища или имени). Но финаль -ен резко сужает круг поиска.

Вероятнее всего, перед нами украинская или белорусская фамилия, возникшая от личного имени Яков через патронимический суффикс -енко, который со временем редуцировался до -ен. В украинской традиции фамилии на -енко массово фиксировались в реестрах XVII–XVIII веков, а при переходе в русскую канцелярскую среду окончание нередко усекали или русифицировали. Яковишен — это «Яковлев сын», только в южнорусской огласовке. Сравните: Даниленко — Данилен, Гриценко — Грицен. Здесь та же история.

Менее вероятная, но возможная версия — польское влияние. В польском языке суффикс -isz (как в фамилиях Яковиш, Яковиц) мог быть адаптирован на восточнославянской почве добавлением -ен, что дало Яковишен. Но эта гипотеза слабее: польские фамилии на -isz чаще оставались без дополнительного наращения.

Основа фамилии — каноническое имя Яков (древнееврейское Иаков, «следующий по пятам»). В крестьянской среде имя было повсеместным, поэтому Яковишены — потомки человека, которого в быту звали Яковищем (уменьшительно-пренебрежительная форма от Яков). В документах XVIII–XIX веков такая форма встречается в Поднепровье и на Слобожанщине.

Географически фамилия тяготеет к современной Украине (Черниговская, Полтавская, Сумская области) и к приграничным районам России (Брянщина, Курщина). В центральных великорусских губерниях она почти не встречается — там закрепились Яковлевы, Якушевы, Яковенко.

Таким образом, носитель фамилии Яковишен с высокой долей вероятности происходит из украинского или белорусского крестьянского рода, где имя Яков передавалось через поколения, а отчество застыло в форме, нехарактерной для северных земель.