Фамилия Яковишена — женская форма, а мужская, Яковишен, встречается реже. В основе лежит имя Яков (древнееврейское Иаков) с редким для русских фамилий суффиксом -ишен. В отличие от привычных -ов/-ев или -ин, этот суффикс характерен для украинской и белорусской ономастики, где он указывал на принадлежность к роду: «чей?» — Яковишен, то есть «сын или потомок Якова». Сравните с фамилиями Григоришен, Данилишен.

Само имя Яков, одно из самых популярных в православных святцах, дало множество фамилий: Яковлев, Якушев, Яковенко, Яковчук. Яковишена стоит в этом ряду особняком — это более локальная, западнорусская модель. В документах XIX века такие формы чаще всего фиксировались на территории современной Беларуси, в Смоленской и Черниговской губерниях, где смешались русские и украинские говоры.

Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был крестьянином или мещанином. В дворянских родословных книгах фамилии на -ишен почти не встречаются — это «народная» модель, возникшая в быту, когда человека называли не по отцу (Яковлев), а по деду или по родовому прозвищу, подчеркивая принадлежность к конкретной семье. Со временем форма закрепилась и передавалась по наследству.

Стоит обратить внимание на окончание -а в женском варианте. В русском языке фамилии на -ин, -ов склоняются по падежам (Яковишены, Яковишену), а вот мужская форма Яковишен не склоняется, если принадлежит женщине, что иногда путает при заполнении документов. Сама фамилия редкая, в современных справочниках её нет в списках самых распространённых, что указывает на узкий ареал происхождения — возможно, деревня или местечко, где жили несколько семей Яковишенов.