Фамилия Яксарова — женская форма фамилии Яксаров, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени или прозвища Яксар. Ключ к разгадке лежит в тюркских языках, где слово «яксар» (или близкое к нему «якши») означает «хороший», «добрый», «лучший». В диалектах встречается и значение «красавец», «удалец». Таким образом, Яксар — это, скорее всего, тюркское именование, которое давали ребенку с пожеланием счастливой судьбы или как характеристику взрослому человеку за его достоинства.

Фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом -ов: Яксар + ов = сын Яксара. Хотя основа явно восточного происхождения, сама фамилия сложилась уже в русской среде, когда тюркское имя превратилось в наследственное родовое прозвание. Такие фамилии нередки в Поволжье, на Урале и в южнорусских степях, где веками жили рядом славяне, татары, башкиры и другие народы.

Встречается и более редкая версия, связывающая фамилию с гидронимом Яксар — так в древности называли реку Сырдарью. В этом случае Яксаровыми могли прозвать выходцев с берегов этой реки, переселившихся в русские земли. Однако эта гипотеза менее убедительна: прозвища по рекам обычно давали в форме «Сырдарьинский», а не через личное имя.

Суффикс -ова указывает на принадлежность к роду: жена или дочь Яксарова. Фамилия не относится к числу дворянских или купеческих — скорее всего, ее носили крестьяне, казаки или служилые люди, получившие фамилию по отцу. Встречаемость фамилии невысока, что говорит о ее локальном бытовании, возможно, в одном или нескольких соседних уездах.