Фамилия Якубои — редкий пример, когда географическое происхождение почти очевидно, а языковое — ставит в тупик. Скорее всего, перед нами не славянская, а балтийская или финно-угорская фамилия, записанная на слух. Наиболее вероятная версия: это вариант латышской фамилии Якубсонс или Якубович, но с характерным окончанием -ой, которое в русских документах XIX века часто передавало латышские окончания -айс, -ейс или литовские -айтис. В таком случае основа — библейское имя Якуб (латышская форма Иакова), а суффикс указывает на принадлежность: «сын Якуба» или «из рода Якуба».

Однако есть и вторая, более экзотическая версия, которую нельзя отбрасывать из-за редкости фамилии. В польском языке существует фамилия Якубой (Jakuboj), образованная от прозвища Якуба — человека, который постоянно ссылался на апостола Иакова (Якуба) или был его тёзкой. Окончание -ой в польской традиции встречается в фамилиях на -ой, которые склонялись как прилагательные (сравните польские Ковальски, Новацки). Но в русском написании «Якубои» — это почти наверняка искажение: либо описка при переписи, либо адаптация литовского окончания -айтис, которое в метриках записывали как «-ой».

Словообразовательная модель проста: корень Якуб- (имя) + суффикс -ой, который в данном случае не столько русский, сколько передаёт иноязычное окончание. В русской системе фамилий на -ой (Толстой, Благой) ударение обычно на последний слог, но в Якубои ударение, скорее всего, на первый: Якубой. Географически фамилия тяготеет к западным губерниям Российской империи — Виленской, Ковенской, Гродненской, где жили литовцы, латыши и поляки.

Если ваш предок носил фамилию Якубои, он мог быть крестьянином или мещанином из Литвы или Латгалии, чью фамилию при переписи записал русский чиновник, не зная, как передать местное окончание. Альтернатива — это редкий случай, когда фамилию дали по отцу, но не через стандартный суффикс -ович/-евич, а через диалектный -ой. В любом случае, это не типичная русская фамилия, а след межнационального контакта на западных рубежах.