Фамилия Якубо — редкий для России случай, когда польская или белорусская фамилия сохранила исходное окончание -о, не переделанное в русское -ов или -ин. Она происходит от имени Якуб — восточноевропейской формы библейского имени Иаков (Яков). В польском, чешском, словацком и белорусском языках именно Якуб, а не Яков, было основным вариантом. Фамилия образована напрямую от этой формы без суффикса: Якуб + окончание -о. Такая модель типична для западнославянских и украинских фамилий, где -о выступает как патронимический показатель (сын Якуба) или просто как окончание, фиксирующее прозвище.

Если разбирать суффиксальную модель, то здесь нет ни -ов, ни -ин, ни -ский. Это так называемая «чистая» фамилия, где основой стало само имя. В польской ономастике подобные фамилии (Якубо, Куба, Мацеё) встречаются в Малопольше и на восточных кресах, где польский язык контактировал с украинским и белорусским. Носитель фамилии Якубо мог быть поляком, белорусом или украинцем, а в России фамилия закрепилась, скорее всего, после переселений конца XIX — начала XX века, когда крестьяне из западных губерний переезжали в Сибирь или на Дальний Восток.

В отличие от фамилии Якубов, которая сразу указывает на русификацию (добавлен суффикс -ов), Якубо сохранила оригинальное окончание. Это делает её маркером того, что предки не проходили через массовую переделку фамилий в русскую форму, либо переехали в Россию достаточно поздно. Географически фамилия встречается в Польше (особенно в Подляском и Люблинском воеводствах), в Беларуси (Гродненская и Брестская области) и на западе Украины. В России — единичные случаи, в основном в Калининградской области и Москве.

Двойник этой фамилии — Якубо-Якубовский — встречается в шляхетских гербовниках, но это уже дворянская ветвь, где к основе добавился суффикс -ский, характерный для польской знати. Простая форма Якубо к шляхте не относится: это фамилия крестьян или мещан, которые получили её по отцу — Якубу. Никакой тайны или сложной этимологии здесь нет: всё сводится к тому, что предка звали Якубом, а его дети стали Якубо.