Фамилия Якубцов образована от крестильного имени Иаков (древнееврейское «пятка», затем «следующий по пятам»). В русской традиции это имя давало десятки производных форм, и одна из них — Якуб — стала основой для фамилии. Суффикс -ц- указывает на уменьшительно-ласкательный или обиходный вариант имени: Якуб — это то же, что Яков, но в западнорусском или польском влиянии. А окончание -ов прямо говорит: «чей?» — Якубцов, то есть сын или потомок Якуба.

Такая модель (основа на твёрдый согласный + -ов) типична для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках. Суффикс -ц- здесь редковат: чаще встречаются фамилии от полной формы (Яковлев) или от других уменьшительных (Якушев, Яковенко). Якубцов — более локальный вариант, характерный для регионов, где бытовала форма Якуб: например, в бывших польско-литовских землях, вошедших в состав Российской империи (Смоленщина, Брянщина, западные губернии).

В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) фамилии на -цов немногочисленны и обычно восходят к прозвищам или именам с суффиксом -ец/-ц. В случае Якубцов исходное имя — Якубец (маленький Якуб), а фамилия закрепилась в форме родительного падежа: Якубцов. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, был сыном человека по прозвищу Якубец или просто Якуб.

Социально фамилия неэлитарная: она не встречается в боярских списках или родословных книгах. Носители Якубцовых — это крестьяне, ремесленники, позже мещане и купцы. В переписях XIX века фамилия фиксируется преимущественно в западных и центральных губерниях России, а также у белорусов и украинцев. Встречаются варианты написания Якубцов и Якубцев — это фонетические или диалектные колебания, не меняющие смысла.

Таким образом, фамилия Якубцов — патроним от обиходной формы имени Иаков, с редким суффиксом -ц-, указывающим на западное или пограничное происхождение рода. Предки, вероятно, жили на стыке русских и польских земель, а их прозвище просто значило «Якубов сын».