Фамилия Якубына — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве исходной, а не производной от мужской. Обычно фамилии на -ин образуются от мужских имён и прозвищ (Иван — Иванов, Петр — Петров), но здесь основа — женское имя Якуба. Это не опечатка и не вариант фамилии Якубов: суффикс -ин прямо указывает на принадлежность женщине, то есть «дочь Якубы» или «жена Якубы».

Само имя Якуба — это украинская, белорусская или польская форма мужского имени Яков (через западнославянское Jakub). В русской традиции женское имя Якуба почти не встречалось, а вот в западных регионах бывшей Речи Посполитой оно бытовало как самостоятельное. Соответственно, фамилия Якубына имеет чёткую региональную привязку: западные области современной Украины, Беларусь, юго-запад России (Брянщина, Смоленщина) и восток Польши.

Модель образования проста: к основе Якуб- добавили суффикс -ин, который в восточнославянских языках означал «чей?», «относящийся к кому?». Если бы фамилия возникла от мужского имени Якуб (Jakub), она звучала бы как Якубов или Якубович. Форма Якубына — это либо матриархальный след (когда прозвище или имя матери стало родовым), либо фиксация прозвища конкретной женщины, которая была известна в округе. В любом случае, предок носителя фамилии — женщина по имени Якуба.

Встречается фамилия крайне редко. В современных базах данных её можно найти единичными случаями в Беларуси и на Украине, реже — в России. Написание с буквой «ы» в корне (Якубына, а не Якубина) — ещё один маркер белорусского или украинского влияния, где «ы» произносится твёрже, чем русское «и». Социально фамилия скорее всего крестьянская или мещанская: в дворянских родах такие формы не фиксировались.

Если сравнивать с однокоренными, то Якубына стоит в одном ряду с фамилиями Якубчик, Якубёнок, Якубович, но отличается именно «женским» суффиксом. Это не ошибка написания, а живая особенность ономастики западных земель, где женские имена иногда становились основой для фамилий целых семей.