Фамилия Якубышина — женская форма мужской фамилии Якубышин, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу выдает редкость. В русских фамилиях распространены суффиксы -ов/-ев и -ин, а вот -шин встречается гораздо реже. Он образован от притяжательного прилагательного с суффиксом -ш- (ср. «отцов» → «отцовский», но в фамилиях: «Якубов» → «Якубышин»). То есть Якубышин — буквально «чей?» — сын или потомок Якубыша.

Основа «Якубыш» — это разговорная, уменьшительно-ласкательная форма от имени Якуб. Якуб — это русская народная форма библейского имени Иаков (через польское или южнославянское посредство, где «Jakub» дало «Якуб»). В крестьянской среде XVII–XIX веков такие формы были обычны: полное имя в быту сокращали и добавляли суффикс -ыш (ср. Иваныш, Петрыш, Якубыш). Таким образом, прозвище Якубыш дали человеку по имени Якуб, а его дети стали Якубышиными.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам России, где имя Якуб встречалось чаще, чем на севере: это бывшие территории Речи Посполитой, украинские и белорусские земли, а также южнорусские области. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальный характер — фамилия не превратилась в массовую, а осталась в пределах нескольких родов.

С точки зрения сословной принадлежности, суффикс -шин и основа от уменьшительного имени указывают на крестьянское или мещанское происхождение. Дворянские фамилии чаще образовывались через -ов/-ев или -ский, а «простонародная» форма Якубышин выдаёт непривилегированное сословие. В метрических книгах XIX века носителей этой фамилии можно найти в основном среди государственных крестьян и однодворцев.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от прозвища Якубыш, данного не по имени, а по внешности или повадкам (например, от «якуб» — в некоторых говорах так называли задиристого или упрямого человека). Но она слабая, так как для прозвища обычно брали нарицательные слова, а не имена, и основа «Якуб» в данном случае надёжнее связывается с крестильным именем.

Итог: Якубышина — фамилия, образованная от уменьшительной формы имени Якуб (Иаков) с редким суффиксом -шин. Предки носительницы — скорее всего, крестьяне или мещане из западных или южных губерний России, где имя Якуб было в ходу.