Основой фамилии Якубишин послужило церковное имя Якубиша. Имя Якубиша является уменьшительной формой мужского крестильного имени Иаков, которое в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якубиша, со временем получил фамилию Якубишин.