Основой фамилии Якубишина послужило церковное имя Якубиша. Имя Якубиша является уменьшительной формой мужского крестильного имени Иаков, которое в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Скорее всего, основатель рода Якубишиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якубиша, со временем получил фамилию Якубишин.