Фамилия Якуева — женская форма фамилии Якуев, и её разбор логичнее начинать с мужского варианта. В основе фамилии лежит личное имя Якуй. Это одна из обиходных, народных форм крестильного имени Иаков (церковнославянское), в русском языке закрепившегося как Яков. На Руси имя перекраивали на свой лад: от Якова пошли уменьшительные Якуня, Якуша, Якуха, Якуш, Якуй. Последняя форма — Якуй — особенно характерна для северных и сибирских говоров, где «й» на конце вместо «ш» или «х» встречается часто (сравните: Иван — Ива́й, Петр — Петру́й).

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели: к основе Якуй- добавили суффикс принадлежности -ев (после мягкого согласного «й» пишется «е», а не «о»). Таким образом, Якуев буквально означал «сын Якуя», «потомок Якуя». Фамилия эта недворянская, крестьянская или мещанская, и её география показательна: чаще всего Якуевы встречаются в Поволжье и на Урале, особенно в Башкортостане, Татарстане и Оренбургской области. В этих краях имя Якуй бытовало не только у русских, но и у крещёных татар, марийцев, чувашей — как калька или адаптация местных имён, близких к библейскому Иакову.

Интересная деталь: фамилия Якуев нередко соседствует с фамилией Якупов (от татарского Якуп — арабская форма того же Иакова). Если Якупов — явно тюркский вариант, то Якуев — русский по форме, но мог возникнуть в двуязычной среде, где имя одинаково звучало и по-русски, и по-татарски. Поэтому предки носителей фамилии Якуева с равной вероятностью могли быть русскими крестьянами, старообрядцами или представителями финно-угорских и тюркских народов, принявших православие.

В написании фамилии встречается путаница: иногда её записывают как Якуёва (с буквой «ё»), но это искажение, так как в исходной основе «й» не переходит в «ё» под ударением. Правильное ударение — на втором слоге: Яку́ева.