Фамилия Якухно звучит на украинский или белорусский лад и образована по модели, характерной для западнорусских земель. Суффикс -но указывает на происхождение от прозвища или имени, причем не отчества, а именно уменьшительной формы. В основе лежит имя Якух — народный вариант крестильного имени Яков (древнееврейское Иаков, «следующий по пятам»). В украинском и белорусском говорах имя Яков через формы Якуш, Якусь, Якух превращалось в ласкательное Якухно, которое и закрепилось как фамильное прозвище.

Особенность этой фамилии — редкий суффикс -хно. Он встречается в основном у украинских и белорусских фамилий, образованных от уменьшительных имен: Степахно, Павлохно, Грихно. Такие прозвища в XVI–XVII веках давали не по отцу, а как личное обращение, часто с оттенком нежности или шутки. Позже, когда прозвище перешло к детям, оно стало фамилией без дополнительного родового окончания — Якухно так и осталось неизменным.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам: чаще всего встречается на Черниговщине, в Гомельской и Могилёвской областях. В России она редка и почти всегда указывает на предков из этих земель. Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане, но в дворянские родословные книги она не попала — не было приставки «-ский» или польского герба.

Есть версия, что Якухно могло произойти не от имени, а от прозвища, связанного с диалектным словом «якуха» — так в некоторых говорах называли упрямого или капризного человека. Но эта гипотеза слабее: во-первых, слово не зафиксировано в словарях как общеупотребительное, во-вторых, модель с суффиксом -хно почти всегда указывает на личное имя. Поэтому основная версия остаётся самой надёжной: предок носителя фамилии был просто Якухом, то есть уменьшительным Яковом.