Фамилия Якухный не укладывается в привычную схему русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Её суффикс -ный указывает на юго-западное, скорее всего украинское или белорусское происхождение. В этих языках прилагательные на -ний, -ный часто становились фамилиями без дополнительных патронимических суффиксов, то есть напрямую из прозвища или характеристики человека. Якухный — это бывшее прозвище, которое закрепилось как родовое имя.

Основа фамилии — уменьшительная форма имени Яков. В украинском и белорусском языках Яков превращался в Якуха, Якуш, Якусь. Суффикс -х- здесь характерен для ласкательных или просторечных вариантов: Якуха — это «Яша» или «Яковка». Таким образом, Якухный буквально означает «тот, кто относится к Якухе» или «Якухин», но оформленное по модели прилагательного. Сравните с частыми украинскими фамилиями вроде Григорный, Ромахный — они образованы по тому же принципу.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах слово «якуха» могло означать не имя, а нечто другое — например, производное от «якать» (говорить «я» вместо «а») или от диалектного «якуша» (вид птицы). Но в контексте фамилий антропонимическая основа (от имени) всегда первична, а прозвища от птиц или глаголов обычно давали бы форму Якушин или Якухов, а не Якухный.

Географически фамилия редкая и встречается в основном на западе Украины, в Волынской, Ровенской областях, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В дореволюционных метрических книгах Якухные записаны чаще как крестьяне или мещане, без дворянских корней. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её носители, скорее всего, происходят из одного компактного рода, разошедшегося по разным регионам в XIX–XX веках.

С точки зрения словообразования, Якухный стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Шевченко (от «шевец»), но с другим суффиксальным оформлением. Это не отчество и не указание на место жительства, а прямая характеристика человека по имени отца или по его собственному уменьшительному имени — что типично для народной ономастики Восточной Европы.