Фамилия Якухнов — пример того, как редкая модель словообразования может рассказать о происхождении больше, чем очевидный корень. Основа здесь — имя или прозвище Якухна, которое, в свою очередь, восходит к каноническому имени Иаков (в просторечии — Яков). Форма Якухна — нестандартная: в русской народной традиции от имени Яков образовывали уменьшительные Якуш, Якуня, Якута, а суффикс -хн- встречается реже, чаще в украинской и белорусской среде (ср. Степан — Степахно, Григорий — Грицунь). Это указывает на то, что фамилия могла сложиться на западнорусских землях, где были распространены подобные словообразовательные варианты.

Суффикс -ов в Якухнов — стандартный патронимический, означающий «сын Якухны». То есть первый носитель фамилии был потомком человека по прозвищу или уменьшительному имени Якухна. Такие фамилии закреплялись за крестьянами и мещанами в XVI–XVII веках, когда шёл массовый учёт населения. Дворянская среда предпочитала более книжные формы вроде Яковлев, так что Якухнов — почти наверняка фамилия из простонародья.

Географически фамилия редкая. В современных базах данных она встречается единично, в основном на западе России и в Беларуси. Это косвенно подтверждает версию о её происхождении в зоне контакта русских, белорусских и украинских говоров. В документах XIX века подобные фамилии могли записывать с колебаниями: Якухнов, Якухна, Якухненко — в зависимости от региона и грамотности писаря.

Отдельно стоит сказать о возможной связи с тюркскими корнями. Слово «якух» в некоторых тюркских языках означает «драгоценный камень» или «изумруд». Однако для фамилии Якухнов эта версия маловероятна: во-первых, суффикс -хн- нехарактерен для тюркских заимствований в русских фамилиях, во-вторых, прозвище по драгоценному камню обычно давали бы в форме Якутов или Якушев, а не через столь редкий формант. Поэтому объяснение через имя Яков остаётся основным и наиболее обоснованным.

Таким образом, Якухнов — патронимическая фамилия от народной формы имени Иаков, указывающая на предка по имени Якухна. Её редкость и необычное звучание — прямое следствие того, что она возникла на диалектной периферии, где работали свои словообразовательные законы.