Фамилия Якухнова — женская форма, а её мужской вариант — Якухнов. Это довольно редкая фамилия, и её происхождение напрямую связано с народными формами крестильных имён. Основа здесь — имя Якухно, которое является производным от канонического имени Яков (древнееврейское Иаков, «следующий по пятам»). В русской традиции имя Яков дало множество уменьшительных и обиходных вариантов: Яша, Яшка, Якуня, Якуха. Форма Якухно характерна для украинского и белорусского языкового влияния, где суффикс -хно придавал имени ласкательный или просторечный оттенок. Сравните: Степан — Стехно, Гаврила — Гаврохно. Таким образом, Якухно — это «маленький Яков» или «Яков, которого ласково называют».

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Якухн- добавлен типичный русский суффикс принадлежности -ов, указывающий на «сына Якухна» или «человека из рода Якухна». Фамилии на -ов/-ев — самые массовые в России, но в данном случае редкая основа делает её заметной. Географически фамилия Якухнов (и Якухнова) чаще всего встречается в регионах, граничащих с Украиной и Белоруссией, а также в центральной России, куда переселялись носители южнорусских говоров. Встречаемость низкая, что говорит о локальном распространении в прошлом — возможно, в одном-двух сёлах или среди одной крестьянской общины.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и без прямого обращения к имени Яков. В некоторых говорах слово «якуха» или «якух» означало нечто непостоянное, шаткое, а «якухнуть» — качнуться или ударить. Однако эта версия менее правдоподобна: подавляющее большинство фамилий на -хнов в восточнославянском ареале восходят именно к личным именам. Социальный контекст: носители фамилии Якухновы в XIX веке, скорее всего, были крестьянами или мещанами, поскольку фамилии на -ов у дворян встречались реже и обычно имели другую морфологию (например, с суффиксом -ский). Никаких громких исторических фигур с этой фамилией не зафиксировано, что делает её типичным примером «фамилии одного корня» — семейной метки, возникшей в деревенской среде.