Фамилия Ямгурзина — женская форма фамилии Ямгурзин, а та в свою очередь образована от тюркского мужского имени Ямгурзи. Разберём это имя по частям: «ямгур» (в разных тюркских языках — «дождь») и окончание «-зи», которое может быть вариантом аффикса принадлежности или частью сложного имени. Дословно Ямгурзи можно перевести как «дождевой» или «относящийся к дождю», но в именах тюркских народов, особенно у башкир и татар, такие имена часто несли пожелательный смысл: «ниспосланный как дождь» (благодать, изобилие) или «долгожданный, как дождь в засуху».

Словообразовательная модель типична для тюркских фамилий, попавших в русскую среду: к основе на гласный добавлялся русский суффикс -ин (Ямгурз-ин), указывающий на принадлежность к роду. В документах XIX — начала XX века, когда крестьяне и мещане получали фамилии, форму на -ин часто давали без учёта пола носителя, поэтому у женщин закрепилось окончание -а.

Географически фамилия Ямгурзина встречается в основном в Башкортостане, Татарстане и Оренбургской области — регионах, где исторически жили башкиры и татары. Среди предков носителей фамилии могли быть как оседлые земледельцы, так и скотоводы: имя Ямгурзи само по себе не указывает на сословие или ремесло, а лишь на личное имя, данное при рождении. В редких случаях фамилия могла закрепиться и у русских, если в роду был брак с татаркой или башкиркой, но это исключение.

Сравните с однокоренными фамилиями Ямгуров, Ямгутдинов — у них схожая основа «ямгур», но разные суффиксы, что говорит о разных ветвях одного родового гнезда. Спорных версий происхождения у Ямгурзиной почти нет: тюркский корень прозрачен, и попытки вывести её от русского «ям» (почтовая станция) или «гурзить» (диалектное слово) лингвистически слабы и не подтверждаются историческими записями.