Фамилия Янакис — один из ярких примеров греческого антропонимического наследия на русской почве. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных с помощью суффиксов -ов/-ев или -ин, Янакис сохраняет исходную греческую модель: это патроним (фамилия по отцу) с уменьшительно-ласкательным суффиксом -акис. В греческом языке суффикс -άκης (читается как «акис») характерен в основном для Крита и обозначает «маленький», «младший» или служит для образования фамилий от личных имён. Таким образом, Янакис буквально значит «маленький Ян» или «сын Яна».

Основа фамилии — греческое имя Яннакис или Янис, которое является разговорной формой от Иоаннис (русский аналог — Иван). Имя Иоанн восходит к древнееврейскому Йоханан («Бог смилостивился»). Получается, что перед нами греческая версия распространённейшей в мире фамилии, которая у русских звучала бы как Иванов или Иванович, но с совершенно иным суффиксальным оформлением.

География фамилии в России и странах бывшего СССР связана с несколькими волнами греческой миграции. Наиболее массово греки переселялись в Причерноморье (Одесса, Мариуполь, Херсон) в конце XVIII — XIX веках, а также во время сталинских депортаций 1930–1940-х годов, когда греков выселяли из Крыма и Закавказья в Казахстан и Среднюю Азию. Поэтому носители фамилии Янакис встречаются не только в Краснодарском крае или Крыму, но и в Казахстане, Узбекистане, а позже — среди репатриантов в Греции.

С точки зрения словообразования, фамилия не претерпела русификации: окончание -ис сохранилось, а не заменилось на -ов или -ин, как часто случалось с греческими фамилиями (например, Христофоров от Христофоракиса). Это говорит о том, что предки носителя, вероятно, долго сохраняли национальную идентичность и не стремились адаптировать фамилию под русскую бюрократию. В дореволюционных документах могли встречаться варианты написания вроде Янаки или Янакiс, но современное написание с твёрдым знаком в конце не фиксируется — фамилия пишется через «и» и оканчивается на -ис.

В редких случаях фамилию могли получить не греки, а болгары или гагаузы, у которых также встречаются фамилии греческого происхождения, но это скорее исключение. Основная версия остаётся критско-греческой: предок носителя звался Яннакис, и его дети унаследовали это прозвище как родовое имя.