Фамилия Янакиев — одна из тех, что сразу выдают болгарские или гагаузские корни. Её основа — личное имя Янаки, которое в славянской православной среде является народной формой канонического имени Иоанн (Иван). В болгарском и македонском языках уменьшительно-ласкательные формы на -ки (Янко, Янаки) были широко распространены, и фамилии на -ев образовывались от них по простой модели: Янаки + -ев = «сын Янаки».

Ключевая особенность этой фамилии — суффикс -ев, а не -ов. В русском языке он встречается реже и обычно указывает на южнославянское происхождение носителя. Если бы фамилия была чисто русской, она звучала бы как Янаков или Янкин. Суффикс -ев в сочетании с основой на -и (Янаки) — типичный маркер болгарской ономастики. В Болгарии фамилии на -ев занимают второе место по распространённости после -ов, и Янакиев стоит в одном ряду с Георгиевым, Димитровым, Тодоровым.

Географически фамилия плотнее всего привязана к Болгарии и к болгарским диаспорам на юге Украины и в Молдове (историческая Бессарабия). В России она редкая и почти всегда принадлежит потомкам переселенцев — болгар, бежавших от османского ига в XIX веке, или гагаузов, чья антропонимика во многом совпадает с болгарской. Встречается и в Македонии, но там чаще пишется через «и» — Јанакиев.

Словообразовательная модель проста: корень Ян- (от Иван) + уменьшительный суффикс -ак- (ср. болг. Янаки — «маленький Иван») + патронимический суффикс -ев. Таким образом, Янакиев буквально означает «потомок Янаки». Никакой сложной полисемии или спорных этимологий здесь нет — это один из прозрачных примеров балканской патронимической системы, где фамилия прямо указывает на имя деда или отца.

Социальный контекст: в Болгарии до Освобождения (1878) фамилии были привилегией городских слоёв и духовенства; основная масса крестьян получила их лишь в конце XIX — начале XX века. Янакиев, скорее всего, фамилия не древняя, а сложившаяся в ту эпоху, когда имя Янаки было ещё живым и употребительным. В России носители этой фамилии — почти всегда потомки болгарских колонистов, осевших в Таврической и Бессарабской губерниях, и их генеалогию стоит искать в метрических книгах болгарских церквей Одесской и Запорожской областей.