Фамилия Янакиди звучит для русского уха необычно, но её происхождение прозрачно: это типичная греческая фамилия, образованная по патронимической модели. Основа — греческое мужское имя Янакис, которое является уменьшительно-ласкательной формой от имени Яннис (Иоаннис), то есть русский аналог — Иван. Суффикс -ди (в оригинале -ίδης) в греческом языке указывает на принадлежность к роду, на происхождение от отца. Буквально Янакиди означает «потомок Янакиса» или «сын маленького Яна».

Такая модель образования фамилий — с суффиксом -idis, -adis, -oudis — характерна для греков Малой Азии, Понта и тех регионов, откуда после событий начала XX века хлынул поток переселенцев. В Российской империи и СССР греческие фамилии на -ди часто получали русифицированное окончание -ди, которое не склонялось по падежам, в отличие от исконно русских фамилий. Поэтому Янакиди — фамилия неизменяемая, что сразу выдает её иноязычное происхождение.

Предки современных носителей фамилии, скорее всего, были понтийскими греками — выходцами с южного побережья Чёрного моря (историческая область Понт). Многие из них переселились в Российскую империю, на Кубань, в Крым, в Грузию и на юг Украины в XIX — начале XX века, спасаясь от преследований в Османской империи. Род занятий мог быть самым разным: от торговцев и ремесленников до земледельцев и рыбаков. Встречаются Янакиди и среди греков, живших в Абхазии и Приазовье.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную уменьшительную форму имени в основе. Если бы фамилия образовывалась от полного имени Яннис, она звучала бы как Янниди. Форма Янакиди закрепила именно ласкательное, «домашнее» прозвище, что встречается в греческой антропонимии не так часто, как в русской (сравните с русскими фамилиями вроде Ваньков или Ванечкин). Внутри самой Греции фамилия Янакиди встречается, но не повсеместно, чаще на севере страны и среди потомков понтийских греков.

При поиске своих корней носителю фамилии стоит обратить внимание на архивные записи греческих общин на юге России и в Закавказье, а также на метрические книги греческих церквей. Фамилия недвусмысленно говорит о том, что предок по мужской линии носил имя Янакис, а сама семья, вероятно, покинула историческую родину не вчера, а в период массовых переселений греков в XVIII–XX веках.