Имя Ян является западно-славянским вариантом канонического имени Иоанн (в переводе с древнееврейского — «милость Божия»). В основе фамилии лежит его просторечная форма – Янча. Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Янчковский образована от польского слова janczar — «янычар». Как известно, янычары (от турецкого jeni tscheri) — это отборные привилегированные пехотные войска в султанской Турции, которые первоначально комплектовались из христиан, обращенных в детском возрасте в мусульманство.