Фамилия Янеева — женская форма мужской фамилии Янеев, и её разбор стоит начать с неочевидного: с суффикса. В отличие от массовых -ов/-ев (Иванов) или -ин (Петин), здесь мы видим редкую модель на -еев. Такое окончание характерно для фамилий, образованных от имён или прозвищ на -ей (Яней, Матвей, Андрей), причём в русской традиции ударение часто падает на последний слог: Яне́ева.

Основа фамилии восходит к личному имени Яней. Это краткая форма от канонического имени Иоанн (Иван) в некоторых тюркских и финно-угорских языках Поволжья и Приуралья. У марийцев, чувашей, татар имя Яней (Янгир, Янбай) встречалось как самостоятельное или как уменьшительное от Яныш. В русской среде Яней могло быть прозвищем человека с «яневым» (то есть январским) характером или по месяцу рождения, но тюркская версия надёжнее: в документах XVI–XVII веков фиксируются служилые люди и крестьяне с именем Яней в Казанском и Уфимском уездах.

География фамилии подсказывает, что предки Янеевых — скорее всего, выходцы из зоны контакта русских и тюркских народов: Чувашия, Татарстан, Башкортостан, южные районы Пермского края. Там фамилия встречается и сегодня, хоть и нечасто. По сословной принадлежности — в основном крестьяне и мещане, реже — купцы или духовенство, поскольку имя Яней не входило в святцы и не было «благородным».

Сравнение с однокоренными фамилиями (Янеев, Янин, Янов) показывает, что Янеева — одна из наименее распространённых форм. Если Яновых много по всей России, то Янеевы — локальная фамилия, сохранившая старую морфологию. Встречается и вариант с двойным «е» — Янееева, но это уже результат ошибок в паспортных столах XX века.