Фамилия Янеев — редкий пример, где суффикс -ев присоединился не к крестильному имени, а к основе тюркского происхождения. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не «Ян» (как в польском Jan), а тюркское имя Яней (Янай, Яныш), распространённое у башкир, татар и чувашей. Суффикс -ев указывает на русскую модель патронимического образования: «чей?» — Янеев, то есть сын или потомок Янея.

Сам корень Яней восходит к древнетюркскому слову *jan — «душа» или «дух». В башкирском и татарском именослове Яней (Янай) — личное имя с пожеланием долгой жизни и чистой души. У чувашей встречается вариант Юней, который тоже мог трансформироваться в Янеев при русификации. Таким образом, фамилия не имеет отношения ни к библейскому Иоанну, ни к славянскому языческому Яну.

Географически фамилия Янеев тяготеет к Волго-Уральскому региону: Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Челябинская области. В метрических книгах XIX века Янеевы записаны в основном как государственные крестьяне или тептяри — сословие, сочетавшее земледелие с военной службой. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Интересная деталь: в некоторых переписях XVIII–XIX веков фамилию писали через «i» десятеричное — Янеiевъ, что выдаёт её позднее оформление: письменная фиксация произошла уже после петровской реформы азбуки, когда «i» использовали для иноязычных корней. Если сравнивать с однокоренными, то Янеев — более редкий вариант, чем, скажем, Янаев или Янушев, которые образованы от той же основы, но с разными аффиксами.