Фамилия Янмурзин — редкий пример того, как тюркское имя стало русской фамилией, сохранив при этом свою внутреннюю форму почти без изменений. В её основе лежит составное мужское имя Янмурза, распространённое у татар, башкир и других тюркских народов. Первая часть «ян» восходит к слову «душа» или «близкий, родной» (в некоторых диалектах — «сторона», «бок»). Вторая часть — «мурза» — княжеский титул, аналог «господина» или «князя». Таким образом, Янмурза буквально означает «родной князь» или «душа-господин» — имя-пожелание, которое давали ребёнку, чтобы он вырос уважаемым и влиятельным человеком.

Суффикс «-ин» указывает на типичную русскую модель образования фамилий от имён, оканчивающихся на «-а»: Янмурза → Янмурзин, то есть «сын Янмурзы» или «из рода Янмурзы». Эта модель — одна из самых древних в русской антропонимике, и её использование для тюркского имени говорит о том, что предок носителя фамилии либо принял православие, либо жил в русскоязычной среде, где его имя переоформили по местным правилам. В отличие от фамилий на «-ов» (Янмурзов), форма на «-ин» встречается реже и чаще фиксируется в Поволжье и Приуралье.

Географически фамилия Янмурзин привязана к регионам с компактным проживанием татар и башкир: это Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Челябинская области. В дореволюционных переписях носители фамилии числились в основном среди государственных крестьян и тептярей — сословия, которое платило подати, но не было крепостным. Многие Янмурзины из башкирских родов вели полукочевой образ жизни, занимались скотоводством и бортничеством, а их имена фиксировались в метрических книгах мечетей.

Стоит упомянуть и альтернативную версию, менее вероятную: некоторые исследователи связывают «ян» с тюркским «йан» — «бок, сторона», толкуя Янмурзу как «князь с той стороны». Однако в ономастике преобладает трактовка через «душа», поскольку составные имена с компонентом «ян» («душа») типичны для тюркской традиции именования (сравните Янбатыр, Янгильды, Янсуфи). Фамилия Янмурзин не получила широкого распространения за пределами Урало-Поволжья, что делает её ярким маркером регионального происхождения.