Фамилия Яночка — редкий случай, когда фамилия полностью совпадает с уменьшительно-ласкательной формой имени. В русском языке суффикс -очк- (как в словах «лампочка», «полочка») традиционно образует уменьшительные формы, и в фамилии он выполняет ту же роль. Основа здесь — имя Ян, которое в славянской традиции является аналогом имени Иван (от древнееврейского Иоанн — «милость Божья»). Таким образом, Яночка буквально означает «маленький Ян» или «Ян, которого ласково называют».

По способу образования фамилия относится к группе так называемых «матронимов» или «патронимов» в уменьшительной форме — то есть прозвище, данное человеку по имени отца или матери, закрепилось в виде ласкательного обращения. В русской ономастике такие фамилии встречаются нечасто: обычно суффикс -очк- присоединялся к основе имени в бытовой речи, а затем переходил в официальное прозвище. Например, в документах XVII века встречаются записи вроде «Янка» или «Яночка» как прозвища для людей, которых в семье или общине звали уменьшительно.

Географически фамилия Яночка наиболее характерна для западных регионов России, а также для Украины и Беларуси, где имя Ян было распространено шире, чем в центральной России. В этих землях под влиянием польского и литовского языков имя Ян бытовало наравне с Иваном, и уменьшительные формы от него часто становились фамилиями.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с польским словом «janoczek» — так могли называть человека, родившегося в день святого Яна (Иоанна Крестителя). Однако эта гипотеза слабее, потому что фамилия имеет чисто русское окончание и суффикс, а не польскую модель образования. Скорее всего, предок носителя фамилии Яночка был просто Яном, которого в кругу близких называли ласково, и это прозвище со временем стало наследственным.