Фамилия Яночкина — женская форма, а в основе лежит мужская фамилия Яночкин. Её происхождение сразу отсылает к личному имени: это классическая русская модель с суффиксом -ин, которая образует фамилии от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Здесь исходным было имя или прозвище Яночка.

Яночка — это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Иоанн (в русском быту — Иван) через его западный вариант Ян. Такая цепочка не редкость: польское и белорусское влияние принесло на Русь форму Ян, от которой пошли многочисленные Яновы, Янины, Янковы. Яночка в этом ряду — ласковый домашний вариант, которым в семье называли ребёнка или взрослого по имени Ян (Иван). Фамилия, таким образом, означает «сын (или дочь) Яночки», то есть потомок человека, которого в быту звали Яночкой.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, где исходная форма могла быть отчеством от полного имени, фамилии на -ин часто закрепляли за человеком именно его обиходное, уличное прозвище. Если в документах XVII–XVIII веков встречается запись «Ивашка Яночка», то его дети уже писались бы Яночкины. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Яночкин.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где было сильно польское или белорусское влияние: западные и южные губернии Российской империи, а также области, куда переселялись выходцы оттуда. Встречается она нечасто, что типично для фамилий, образованных от редкой уменьшительной формы. Интересно, что параллельно существует фамилия Яночков (с суффиксом -ов), но она ещё реже и могла возникнуть от прозвища Яночко, где -ко — украинский или южнорусский уменьшительный суффикс.

Таким образом, носительница фамилии Яночкина может считать своим предком человека, которого в кругу близких называли ласково Яночка — скорее всего, это был Иван, но в западной огласовке, что указывает на возможные культурные или миграционные связи семьи.