Фамилия Янсен — одна из тех, что сразу выдают скандинавское или голландское происхождение. Это классическая патронимическая модель, то есть фамилия, образованная от имени отца. В основе лежит имя Ян (Jan) — североевропейская форма библейского имени Иоанн (Иван в русской традиции). Суффикс -сен (-sen) в переводе с датского, норвежского и нидерландского языков означает «сын». Таким образом, Янсен буквально значит «сын Яна». В Швеции аналогичная фамилия писалась бы как Янссон (Jansson), а в Германии — Ян (Jahn) или Янке (Jahnke).

Фамилия Янсен чрезвычайно распространена в Нидерландах (входит в десятку самых частых) и в Дании. В России она появилась в основном в XVIII–XIX веках вместе с переселенцами-колонистами, которых приглашала Екатерина II. Немецкие колонисты, осевшие в Поволжье, часто носили фамилию Янсен, и со временем она обрусела, сохранив написание, но изменив произношение. Встречается она и среди потомков прибалтийских немцев, а также в среде обрусевших голландских мастеров, работавших при Петре I.

Стоит различать два варианта ударения. В исконно голландском и датском произношении ударение падает на первый слог: Я́нсен. В русской среде, особенно среди потомков поволжских немцев, часто закрепляется ударение на последний слог: Янсе́н. Оба варианта допустимы, но второй однозначно указывает на то, что носитель фамилии — из семей, давно живущих в России.

Интересно, что в отличие от русских патронимических фамилий на -ов/-ев, где суффикс тоже означает принадлежность, модель на -сен не застыла в одной форме. В той же Голландии фамилия могла писаться и как Янсен, и как Янссен (с удвоенной «с») — это зависело от местного диалекта и грамотности писаря. Встречается и вариант Янзен (Jansen), где «з» — результат озвончения согласного в некоторых говорах. Все эти формы восходят к одному корню и означают одно и то же: «сын человека по имени Ян».