Фамилия Яксен звучит нехарактерно для русской среды — и это первая зацепка. В ней нет привычного суффикса -ов, -ин или -ский, а основа заканчивается на -ен. Такое окончание чаще встречается в фамилиях немецкого, еврейского или прибалтийского происхождения, где -en — типичный патронимический суффикс (как у немцев Petersen, Jansen). Поэтому первая и главная версия: Яксен — это вариант фамилии Jaxen или Jaksen, адаптированный на письме по-русски.

Корень Якс- (или Як-) восходит к библейскому имени Яков (Иаков). В немецкой и скандинавской традиции от него образованы фамилии вроде Jax, Jaks, Jaxen — буквально «сын Якова» или «потомок Якова». Судя по географии, в России носители фамилии Яксен встречаются в основном в Поволжье и на Урале, где в XVIII–XIX веках существовали немецкие колонии. Предки современных Яксенов могли быть выходцами из немецких поселений, которые позже обрусели, но сохранили фамилию в исходной записи.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с финно-угорскими корнями. В коми-зырянском языке есть слово «якс» — «густой, частый (о лесе)», а суффикс -ен мог указывать на принадлежность. Тогда Яксен — прозвище человека, жившего у густого леса или в чаще. Эта гипотеза правдоподобна только для северных регионов, но письменных подтверждений такой модели в русской ономастике практически нет.

В любом случае, фамилия Яксен — редкая. Она не попала в массовые переписи крестьян центральной России, потому что не образовывалась по стандартной схеме «имя + -ов». Поэтому носители этой фамилии — скорее всего, потомки переселенцев или колонистов, которые принесли её с собой. Без дополнительных генеалогических изысканий (архивы немецких колоний, метрические книги лютеранских приходов) сказать точнее, кем были предки, сложно.