Фамилия Янюкова — женская форма, мужская — Янюков. В основе лежит имя или прозвище Янюк, которое образовано от крестильного имени Иоанн (в русском быту — Иван) с помощью уменьшительного суффикса -юк. Такая модель характерна для западных и южных регионов: на Украине, в Белоруссии и на юге России суффикс -юк часто заменял великорусское -ов или -ин. Янюк — это то же, что Иванец, Ванюк, Ванюша, но с местным произношением.

Менее вероятная, но возможная версия: от прозвища Янюк, связанного с глаголом «янить» — в некоторых говорах так называли болтуна, пустомелю. Однако первое объяснение выглядит убедительнее: подавляющее большинство фамилий на -юк восходит к личным именам, а не к нарицательным словам.

Суффикс -ов в окончании фамилии указывает на принадлежность: Янюкова — «дочь или жена Янюка». Сословно фамилия могла принадлежать крестьянам или мещанам, так как дворянские роды с таким окончанием в Поволжье и Сибири не фиксируются. География фамилии Янюковых — преимущественно Урал и Западная Сибирь, куда переселенцы из южнорусских и украинских губерний принесли свой говор и модель образования фамилий.

В написании стоит обратить внимание на букву «ё»: в документах часто встречается Янюкова с ударением на второй слог (Яню́кова), что роднит фамилию с однокоренными Янюк, Янюкин, Янюшев. Если же ударение падает на последний слог, это может быть следствием местного акающего произношения.