Фамилия Япанова — женская форма мужской фамилии Япанов. Её основа — прозвище или неканоническое имя Япан. Скорее всего, оно восходит к тюркскому слову «япан» — «степь, пустыня, дикое поле». В тюркских языках так могли назвать человека, жившего в отдалённой, безлюдной местности, или же дать прозвище, указывающее на характер: «дикий», «нелюдимый», «степняк». Менее вероятна, но возможна связь с диалектным русским глаголом «япать» — «хватать, брать», откуда «япала» — хваткий, ловкий человек.

Модель образования типична для восточно-русских и поволжских фамилий: суффикс -ов/-ев присоединяется к основе, указывая на принадлежность к роду (чей? — Япанов). Сама основа Япан могла быть как прозвищем, так и производной формой от крестильного имени Ипат (Ипатий) — в народном произношении оно нередко искажалось до Яп, Япан. Однако тюркская версия выглядит убедительнее, поскольку фамилия встречается в регионах с сильным татарским и башкирским влиянием — в Оренбуржье, Башкортостане, Татарстане, а также на Урале.

В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Япановы часто записаны как государственные крестьяне или казаки. Фамилия не принадлежала к дворянским родам, её носители — преимущественно сельские жители, земледельцы или мастеровые. В современных телефонных справочниках и базах данных Япанова встречается редко, что говорит о её локальном бытовании.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду однокоренных — Япанов, Япанчин, Япаев. Но если Япаев идёт от имени Япай (уменьшительное от Япан), то Япанова сохраняет полную основу, что может указывать на более прямую связь с прозвищем, а не с уменьшительной формой имени.