Фамилия Яргуни — редкая и с неочевидной этимологией. В ней нет привычных русских суффиксов -ов или -ин, что сразу наводит на мысль о нерусском происхождении. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, которое могло быть заимствовано из тюркских или кавказских языков.

Основу «Яргун» можно разобрать по-разному. В тюркских языках «яр» означает «берег», «обрыв», а также «любимый», «друг». «Гун» может восходить к слову «гюн» (день, солнце) или к этнониму «гунн». Таким образом, Яргуни могло быть прозвищем человека, связанного с берегом, или же именем, означающим «солнечный друг». Вторая версия — связь с кавказскими языками, где встречаются фамилии на -уни, характерные для армянской ономастики. Суффикс -уни указывает на принадлежность к роду или местности. Если это так, то Яргуни — вариант армянской фамилии, где корень «Ярг» мог быть искажением какого-то топонима или личного имени.

Фамилия не фиксируется в классических русских словарях фамилий (Унбегаун, Никонов), что подтверждает её позднее появление в русской среде или её единичный, локальный характер. Географически носители фамилии Яргуни встречаются в Закавказье и на юге России, что поддерживает версию о её армянских или тюркских корнях. В русском контексте она могла возникнуть при переписи населения как запись на слух: например, носителя армянской фамилии Яргунян или тюркского прозвища Яргун записали без суффикса, а потом окончание -и закрепилось как фамильное.

Словообразовательная модель проста: основа Яргун + окончание -и, которое в данном случае не столько русский суффикс, сколько показатель множественного числа или родительного падежа в языках-источниках. В русском языке такие фамилии обычно не склоняются по падежам, что ещё раз указывает на их иноязычное происхождение. Предки носителя фамилии, скорее всего, не были крестьянами центральной России, а происходили из регионов с тюркским или кавказским населением — возможно, это были ремесленники, торговцы или военные.