Фамилия Ярликова — женская форма фамилии Ярликов, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Ярлык. В тюркских языках «ярлык» означает «указ», «повеление», «грамота» (в историческом контексте — ханский указ). Однако напрямую связывать фамилию с этим значением было бы поспешно: прозвища редко давали по абстрактным понятиям.

Гораздо вероятнее, что Ярлык — это производная форма от имени Яр или Ярий (славянское дохристианское имя, связанное с божеством плодородия Ярилой) с добавлением тюркского суффикса -лык, который в русских говорах мог осмысляться как часть прозвища. Такие гибридные формы — не редкость в зонах смешанного славяно-тюркского населения, особенно на юге России, в Поволжье и на Урале. В этом случае Ярлык могло означать «принадлежащий Яру» или «связанный с Яром» — по аналогии с тем, как в тюркских языках суффикс -лык образует имена прилагательные.

Менее распространённая, но возможная версия — от слова «ярлык» в значении «метка», «бирка». Прозвище Ярлык мог получить сборщик податей или писарь, имевший дело с документами, либо человек, которого за глаза называли «ярлыком» за какую-то особенность внешности или поведения. Однако эта гипотеза слабее, так как в русской антропонимии прозвища от названий документов встречаются крайне редко.

Суффикс -ов в фамилии Ярликов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Ярликов, то есть сын Ярлыка. Фамилия фиксируется в основном в центральных и южных регионах России, что подтверждает её происхождение из зоны активных контактов с тюркскими языками. Встречается и вариант Ярлыков (с твёрдым окончанием), который может быть более ранним, но Ярликов, вероятно, закрепился в результате аканья или просторечной адаптации.