Фамилия Ященкко — редкий случай, когда написание бросается в глаза раньше, чем корень. Двойная «к» перед окончанием выглядит как опечатка, но в ряде украинских и южнорусских фамилий такая форма встречается: Ященкко, Шевченкко, Ткаченкко. Чаще всего это не ошибка, а следствие поздней паспортной записи, когда писарь на слух фиксировал произношение с долгим согласным, или же результат адаптации фамилии в русской среде, где суффикс -ко иногда удваивали для благозвучия. В любом случае, основа здесь та же, что и у распространённой фамилии Ященко.

Корень — Ящ(а), уменьшительная форма от имени Яков. В украинской и белорусской традиции имена часто усекали до ласкательных вариантов: Яша, Яць, Яшко. От последнего и пошла основа Ященко — буквально «сын или потомок Яшки». Суффикс -енк(о) типичен для восточнославянских фамилий, особенно украинских, и указывает на родственную связь: чей? — Ященков сын. Со временем окончание закрепилось как фамильное.

По географии фамилия Ященко (и её варианты с удвоением) распространена на Украине, особенно в Полтавской, Черниговской и Харьковской областях, а также в приграничных регионах России — Курской, Белгородской и Воронежской областях. В этих местах модель фамилий на -енко была доминирующей, и Ященко — одна из самых частых производных от имени Яков.

Версия о происхождении от прозвища «Ящер» или «Ящур» маловероятна: для таких основ характерен суффикс -ов/-ев (Ящеров), а не -енко. Кроме того, прозвища от названий животных редко образовывали фамилии с уменьшительным суффиксом. Так что надёжнее всего считать, что предок носителя фамилии Ященкко был просто потомком человека по имени Яшка (Яков).