Фамилия Ящкунов — редкий пример, где основа почти наверняка не связана с тем, что приходит в голову в первую очередь. Никакого отношения к пресмыкающимся она не имеет. Ключ к разгадке — в суффиксе и местном произношении.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Фамилия образована с помощью патронимического суффикса -ов, который присоединился к основе «Ящкун». Это не прозвище от слова «ящер» или «ящерица». Скорее всего, перед нами диалектный или просторечный вариант имени или прозвища. В русских говорах, особенно на юге и западе, звук «ч» часто заменялся на «щ»: «чудной» говорили как «щудной», «чужой» — как «щужой». Соответственно, «Ящкун» — это фонетический вариант от «Ячкун» или «Ячкун».

А «Ячкун» — это, в свою очередь, производное от имени Яков. В народной речи уменьшительные формы от Якова звучали как Яшка, Якуня, Ячка. Суффикс -ун в русских фамилиях часто указывал на прозвище по действию или характерному признаку (крикун, молчун). В данном случае -ун мог придать оттенок «человек, которого зовут Ячка», или же это была прозвищная форма самого имени — Ячкун, то есть «Яков». Таким образом, Ящкунов — буквально «сын Ячкуна», то есть потомок человека, которого в быту звали Яковом, но в местной манере произношения — Ячкуном или Ящкуном.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — южные области России, в частности Ростовская область и Краснодарский край, где традиционно были сильны украинские говоры с характерным «щ» на месте «ч». Предки современных носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками из этих мест. Фамилия недворянская, не получила широкого распространения и осталась редкой, сохранив в себе живую фонетическую особенность русских говоров XIX века.