Фамилия Йонковы — самобытный памятник еврейской культуры, а её разбор лучше начать с имени-основы. В центре фамилии лежит имя Йонек, которое происходит от библейского имени Йонах. С древнееврейского оно переводится как «голубь» — символ мира и чистоты. Одним из покровителей этого имени считают библейского пророка Иону: того самого отрока, которого воскресил пророк Илия, а позже — посланника Божьего к язычникам в Ниневию, столицу Ассирийского царства.

Фамилия Йонковы образована по модели, типичной для ашкеназских евреев, но с русским окончанием -ов. В среде ашкенази (евреев, говоривших на идише, чаще всего выходцев из Германии) фамилии часто оформляли формантами -сон/-зон («сын»), -ман («человек»), -кинд («ребёнок») или -штам («ствол»). Однако у евреев, долгое время живших на территории Российской империи, фамилии нередко получали славянский суффикс принадлежности -ов, который указывал на родство: Йонков — буквально «сын Йонека» или «из рода Йонека».

Интересно, что фамилия Йонковы может быть связана не только с еврейской средой. В болгарском и македонском именослове имя Йонко (уменьшительное от Иван) также встречается, и фамилия Йонков там — обычная патронимическая. Но для носителей с еврейскими корнями решающим оказывается именно имя Йонах. Спор между этими версиями решается просто: если предки происходят из Восточной Европы, особенно из черты оседлости, вероятнее еврейское происхождение; если с Балкан — славянское.

Стоит помнить: процесс формирования каждой фамилии длителен и не всегда привязан к одной местности. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Йонковы можно только после серьёзных генеалогических изысканий.