Фамилия Йонков — редкий пример ашкеназской фамилии, образованной не по немецкой, а по славянской модели. В то время как большинство еврейских фамилий Восточной Европы получили суффиксы -сон, -зон, -ман или -кинд, эта фамилия использует типично польский или украинский суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?»). Это говорит о том, что предки носителя фамилии жили на землях, где славянская культура влияла на оформление документов, — скорее всего, на территории современной Украины, Беларуси или юго-восточной Польши.

В основе фамилии лежит имя Йонек — уменьшительно-ласкательная форма древнееврейского имени Йонах. Переводится Йонах как «голубь». В еврейской традиции голубь — символ мира, чистоты и искупления. Библейский пророк Йона (Иона) — центральная фигура Книги Ионы. Он был отроком, которого воскресил пророк Илия после молитвы. Ионе выпало пророчествовать не в землях Иудейской и Израильской, а в Ниневии — столице Ассирийского царства, неся слово Божье среди язычников. Эта история сделала имя популярным в еврейской среде, а от него пошли и производные формы вроде Йонек, Йонка, Йончик.

Сам суффикс -ек в имени Йонек — характерный для идиша уменьшительный аффикс, который часто присоединяли к основам, чтобы образовать ласкательное или обиходное имя. Таким образом, Йонек — это «маленький Йона» или «Йона-голубок». От этого имени и возникла фамилия Йонков: буквально «сын Йонека» или «принадлежащий Йонеку». Фамилия могла закрепиться за одним человеком, а затем передаваться по мужской линии как наследственное прозвище рода.

Стоит отметить, что фамилия Йонков — не единственная в своём роде. Существуют однокоренные варианты: Йонкин (с русским суффиксом -ин), Йонкель (с немецким уменьшительным суффиксом -ель) и Йонсон (с формантом -сон «сын»). Однако именно форма Йонков встречается реже и указывает на более тесное соседство со славянским миром — возможно, предки жили в местечках, где местная администрация записывала фамилии по образцу окружающих народов.

В отличие от евреев Израиля, чьи фамилии оформлены суффиксами -ис, -ес, -и, приставкой бен- или артиклем Га-, ашкеназские фамилии, подобные Йонков, заимствовали славянские окончания как дань языковой среде. Это не делает фамилию менее еврейской по происхождению, но добавляет ей региональный колорит.