Фамилия Йонкова — женская форма, парная к мужской Йонков. В основе лежит имя Йонек, а оно, в свою очередь, — производная форма древнееврейского имени Йонах. С иврита это имя переводится как «голубь». В библейской традиции голубь — символ мира, чистоты и божественного духа, поэтому имя имело сильное положительное значение.

Одним из покровителей имени считается пророк Йона (в русской традиции — Иона). Согласно Ветхому Завету, он был отроком, которого воскресил пророк Илия, а позже получил миссию проповедовать не в землях Иудеи, а в Ниневии — столице Ассирийского царства, среди язычников. Эта история делает имя Йонах значимым в иудейской среде.

Фамилия Йонкова относится к ашкеназскому типу, но с характерной славянской адаптацией. Ашкеназские фамилии часто оформлялись формантами -сон/-зон («сын»), -ман («человек»), -кинд («ребенок»), -ер, -с. Однако в Восточной Европе, особенно на территориях, входивших в состав Российской империи, еврейские фамилии нередко получали славянские суффиксы -ов/-ев, -ин. Так имя Йонек превратилось в Йонков, а женская форма — в Йонкова. Такой суффикс указывал на принадлежность: Йонкова буквально означает «жена или дочь Йонка».

В отличие от фамилий евреев Израиля, которые оформляются суффиксами -ис/-ес, -и, приставкой бен- или артиклем Га-, фамилия Йонкова — типичный пример того, как еврейское имя обрастало местными языковыми чертами в диаспоре. Это не ошибка и не редкий случай, а естественная модель для ашкеназов, живших среди славянских народов.