Фамилия Юдакин образована от имени или прозвища Юдак. В её основе лежит суффикс -ин, который в русской традиции указывал на принадлежность: «чей?» — «Юдакин» означало «сын Юдака». Такая модель типична для великорусских фамилий, особенно распространённых в центральных и северных губерниях.

Корень «юд» неоднозначен и даёт почву для двух основных версий. Первая — самая вероятная: Юдак — это форма канонического имени Иуда. В древнерусском быту имя Иуда, несмотря на евангельскую ассоциацию с предательством, использовалось, причём нередко в качестве охранительного: считалось, что «плохое» имя отпугнёт злых духов от ребёнка. Уменьшительная форма Юдак (через чередование Иуда → Юда → Юдак) вполне вписывается в словообразовательные нормы. Вторая версия связывает фамилию с диалектным словом «юда» — в некоторых говорах так называли непоседливого, юркого человека, а также лёгкую лодку-однодеревку. В этом случае Юдак — прозвище по характеру или роду занятий.

Фамилия Юдакин встречается в основном в Поволжье и на юге России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Саратовской областях. Там же фиксируются родственные фамилии: Юдаков, Юдин, Юденков. Интересно, что написание через «а» (Юдакин) закрепилось в русской письменной традиции, тогда как в украинской среде та же основа дала бы фамилию Юдаченко.

Сословный состав носителей фамилии был смешанным: среди Юдакиных встречались и крестьяне, и мещане, и священнослужители. Например, в документах XIX века упоминается священник Иоанн Юдакин, служивший в одном из сёл Тамбовской губернии. Это говорит о том, что фамилия не закрепилась за каким-то одним социальным слоем.

Таким образом, Юдакин — типичная русская фамилия-патроним, возникшая от личного имени Иуда в его разговорной форме. Спектр возможных значений — от охранительного имени до прозвища непоседы — оставляет простор для семейных преданий, но самая прямая линия ведёт к древнему библейскому имени, адаптированному русским бытом.