Фамилия Юденцов звучит редко, и это сразу подсказывает, что её корень — не в центральных, а в южнорусских или украинских землях. В основе лежит имя Юда, которое в народной среде часто воспринимали не как библейское (Иуда), а как уменьшительную форму от Юрий или, реже, от Иуда. Суффикс -енц- (в исходной форме Юденец) типичен для украинской и южнорусской ономастики: он указывает на принадлежность или происхождение, примерно как «сын Юды» или «человек из рода Юды».

Модель образования здесь двойная. Сначала от имени Юда (разговорный вариант от Юрий или Юда) появилось прозвище или патроним Юденец — то есть «маленький Юда» или «потомок Юды». Затем, при русификации фамилии, к этой основе добавили русский патронимический суффикс -ов, получив Юденцов. Такая конструкция — украинская основа плюс русское окончание — нередка для фамилий, которые оформлялись в XIX веке при переписях на пограничных территориях: в Курской, Воронежской, Харьковской губерниях.

Основная версия ведёт фамилию к имени Юда как форме канонического имени Иуда. В православной среде это имя не было под запретом, хотя ассоциации с предателем Христа делали его редким. Чаще Юдой называли в крестьянских семьях, где библейским смыслом не заморачивались, а имя воспринимали как простое, «своё». Вторая, более вероятная версия — что Юда это народная форма имени Юрий (Георгий). В украинских говорах Георгий давал целый веер производных: Юра, Юрко, Юда, Юхим. В этом случае Юденцов — «внук Юрия по имени Юда», что снимает неудобную библейскую коннотацию.

Географически фамилия привязана к югу России и востоку Украины. Встречается в Ростовской области, Краснодарском крае, в Ставрополье — то есть в зонах позднего заселения, куда переселялись крестьяне из малороссийских губерний. Носителями, скорее всего, были государственные крестьяне или казаки, у которых фамилии оформились позже, чем у дворян, и часто фиксировались по уличным прозвищам.

Других однокоренных фамилий немного: Юдин (от Юда напрямую) и Юденко (украинская форма без суффикса -ов). Юденцов стоит особняком — он показывает, как местное прозвище «обрусéло» при переходе в официальный документ. Это редкий случай, когда фамилия сохранила обе языковые традиции: южнорусскую основу и северный суффикс.