Фамилия Юганец — редкий случай, когда географическая основа и уменьшительный суффикс создают фамилию, которая звучит как прозвище выходца с определённой территории. В её основе лежит не имя и не профессия, а топоним — название реки Юг.

Река Юг — одна из крупных водных артерий Вологодской и Кировской областей, сливаясь с Сухоной, она образует Северную Двину. В древности этот регион был важным торговым путём, а жителей по берегам реки называли «южанами» или «юганцами». Суффикс -ец в русских фамилиях традиционно указывает на принадлежность к местности: выходец с Дона — донец, из Пскова — псковитянин, с реки Юг — юганец. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище по месту прежнего жительства — он был тем самым человеком, который пришёл с реки Юг.

Менее вероятна, но возможна связь с гидронимом Юган — так называется река в Ханты-Мансийском автономном округе (Большой Юган, Малый Юган). Однако фамилия Юганец встречается в центральных и северных областях России, что делает версию с вологодским Югом более убедительной. Слово «юганец» могло также быть народным названием южного ветра в некоторых говорах, но эта версия не находит серьёзной поддержки в ономастике.

Фамилия образована по продуктивной для русских фамилий модели: основа (топоним) + суффикс принадлежности -ец. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Юга́нец. Встречается она нечасто, в основном в Вологодской области и соседних регионах, что подтверждает её локальное происхождение. Носители фамилии — потомки тех, кто когда-то переселился с берегов реки Юг и получил прозвище, закрепившееся в качестве родового имени.