Фамилия Юган может показаться короткой и простой, но за ней скрывается несколько разных историй, и каждая по-своему объясняет, откуда она взялась. Самая очевидная версия — географическая. Юган — это название нескольких рек в Западной Сибири (Большой и Малый Юган, притоки Оби). В этом случае фамилию мог получить человек, пришедший с берегов этих рек или живший на них. Такие «речные» фамилии не редкость в Сибири и на Урале, где топонимы легко становились прозвищами, а затем и фамилиями.

Вторая, не менее правдоподобная версия, отсылает к личному имени. Юган — это одна из народных, разговорных форм крестильного имени Иоанн (Иван). В немецком и скандинавских языках имя Johann произносится как «Йоганн», и в русском обиходе, особенно в регионах с немецким влиянием (например, Поволжье, Прибалтика), оно могло превратиться в Югана. Кроме того, существует и финно-угорский след: у народов ханты и манси слово «юган» означает «река», и это прямое указание на то, что фамилия могла возникнуть в среде коренного населения Западной Сибири.

Модель образования фамилии — без суффикса, так называемая «нулевая» или «чистая». Это характерно для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, а также для многих фамилий нерусского происхождения. В русской традиции чаще бывает Юганов (с суффиксом принадлежности), а форма Юган — более редкая и, как правило, указывает на украинские или западнорусские корни, либо на то, что предок был не из великорусских областей. Встречается также вариант Юганец, который подтверждает западнорусское происхождение.

Спорных версий здесь немного, но стоит упомянуть, что иногда фамилию пытаются связать с тюркским словом «юган» (якобы «потерянный» или «заблудший»). Эта гипотеза слабая: в тюркских языках такого корня с подобным значением нет, а в русских говорах слово «юган» не зафиксировано как нарицательное. Поэтому уверенно можно говорить только о двух основных линиях: речной топоним в Сибири и народная форма имени Иван, занесённая с запада или юго-запада.

Сословная принадлежность носителей фамилии не прослеживается: Юганы встречались и среди крестьян, и среди казаков, и среди мещан. В архивных записях XVIII–XIX веков эта фамилия чаще всего фиксируется на Украине (особенно на Полтавщине и Черниговщине) и в южных губерниях России, что склоняет чашу весов в пользу версии с именем Иоанн. Сибирский вариант Юган как «речной» более характерен для коренных народов, но мог перейти и к русским старожилам.