Фамилия Юганцева — женская форма мужской фамилии Юганцев. В основе лежит суффикс -ев, который в русской ономастике обычно указывает на принадлежность: Юганцев буквально означал «сын Юганца» или «человек из рода Юганца». Само же прозвище Юганец образовано от корня «юг» или «юга». Здесь и кроется главная загадка фамилии, потому что у этого корня как минимум два разных значения.

Первый, самый очевидный вариант — географический. Юганец могли прозвать человека, пришедшего с южных земель, с «юга». В северных и центральных областях России такое прозвище было бы понятным и точным: оно выделяло пришлого человека, переселенца из более теплых краев. В этом случае фамилия Юганцев — аналог фамилий Южаков, Южанинов, только с другим суффиксом.

Второй, более редкий и диалектный вариант — от слова «юга» в значении «вьюга, метель, непогода» (родственное украинскому «хуга»). В некоторых русских говорах так называли холодный ветер или ненастье. Тогда прозвище Юганец мог получить человек с хмурым, суровым нравом или, наоборот, тот, кто родился в непогоду. Этот корень встречается в фамилиях Югин, Юганов, но в форме Юганцев он особенно интересен — суффикс -ец здесь добавляет оттенок «носитель признака».

С точки зрения словообразования, фамилия Юганцева тяготеет к моделям, характерным для южнорусских и поволжских регионов, где суффикс -ец в прозвищах был распространен шире, чем на севере. В списках однокоренных фамилий — Юганов, Югин, Юганец — Юганцев стоит особняком: она не так частотна, как первые две, и её носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы.

Сословную принадлежность предков-Юганцевых установить по одной фамилии сложно. Прозвища на -ец могли давать и крестьянам, и посадским людям, и казакам. Но если отталкиваться от географии и корня «юг», то наиболее вероятна связь с южными губерниями России или с областями, куда шла миграция с юга — например, Заволжье или Приуралье. Фамилия не принадлежит к числу дворянских, что типично для прозвищной модели без патронимического суффикса -ов-/-ев- от полного крестильного имени.