Фамилия Юганкова образована от женской формы Юганкова, но исторически её носителем мог быть мужчина по фамилии Юганков. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Юган. В русской ономастике суффикс -ан (как в Юган, Иван, Степан) часто указывал на принадлежность к чему-то или пренебрежительный оттенок, но в случае с личными именами он просто служил для образования обиходной формы. Корень «юг» даёт сразу несколько версий происхождения.

Самая прямая и правдоподобная версия — географическая. Если предок жил на юге, его могли прозвать Югом, а потом — Юганом. В русских говорах слово «юг» означало не только сторону света, но и тёплый ветер, а в некоторых диалектах — «южный человек». Такое прозвище давали пришлому с южных земель или тому, кто постоянно говорил о юге. От прозвища Юг через уменьшительную форму Юган (ср. Иван — Иванушка, но и просторечное Иван — Ваня) и появилась фамилия.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским или финно-угорским корнем. В Сибири есть река Юган (приток Оби), и название происходит из хантыйского языка. Кто-то из предков мог получить прозвище по месту жительства — «живущий на Югане». Однако фамилия Юганков встречается не только в Сибири, но и в центральных областях России, что делает эту версию локальной.

Фамилия редкая, с характерным суффиксом -ов, который указывает на русскую модель образования от мужского имени или прозвища на согласный (Юган → Юганков). Встречается в основном в Курской, Воронежской областях и на Урале. Социальный состав носителей в прошлом — скорее всего, крестьяне или однодворцы, так как в дворянских родословных эта фамилия не зафиксирована.