Фамилия Юганкин образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Юганкин — значит «сын Юганки» или «человек из семьи Юганки». Основа здесь — личное имя или прозвище Юганка, которое, в свою очередь, является уменьшительной формой от крестильного имени Иоанн (в русском обиходе — Иван).

Имя Иоанн, пришедшее из древнееврейского (Йоханан — «Бог помиловал»), в русской народной среде дало десятки производных форм: Иван, Ваня, Ванечка, а также Иванка, Иванко, Иванша. Форма Юганка — результат диалектных фонетических изменений. В южнорусских и украинских говорах начальное «и» нередко переходило в «й» или «ю»: Иван — Юван, Иванка — Юванка. Усечение суффикса -ан- до -анк- дало Юганку. Встречается и вариант Юванка, но Юганка — более характерная форма для среднерусских и поволжских говоров, где звук «в» перед гласным мог озвончаться до «г» или вовсе выпадать.

Географически фамилия Юганкин тяготеет к Среднему Поволжью, особенно к Самарской и Ульяновской областям, а также к некоторым районам Чувашии и Татарстана. Там же фиксируются однокоренные фамилии — Юганкин, Юганов, Юганец. Это говорит о том, что прозвище или некалендарное имя Юганка было в ходу именно в этом регионе, возможно, как местный вариант имени Иван среди русских переселенцев или как результат взаимодействия с тюркскими языками (ср. татарское «юган» — «большой, могучий», но эта версия менее вероятна, так как имя Юганка уверенно выводится из христианского именослова).

Таким образом, предок носителя фамилии Юганкин — скорее всего, простой человек, которого в быту звали уменьшительным именем Юганка. Никакого особого сословного статуса или редкого ремесла эта фамилия не подразумевает: она из разряда «патронимических», то есть образованных от отцовского имени. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии встречались среди крестьян и посадских людей, а закрепились окончательно после отмены крепостного права, когда фамилии стали обязательными для всех.