Фамилия Юганкина — женская форма, образованная от мужской Юганкин. В её основе лежит не имя и не профессия, а прозвище или, что вероятнее, вариант крестильного имени. Разберёмся по порядку.

Ключ к фамилии — корень «Юган». В русской ономастике он чаще всего восходит к каноническому имени Иоанн (Иван) через его западнорусские и украинские диалектные формы — Юган, Юхим (от Евфимий). В говорах звук «и» перед гласным мог переходить в «й», и Иван превращался в Юван, а затем и в Юган. Это не единственная версия: в некоторых регионах Юганом могли прозвать человека с реки Юган (приток Оби) или выходца из мест, где такое название носили поселения. Но для фамилии, а не топонимического прозвища, связь с личным именем выглядит убедительнее: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Юганкин, то есть сын Югана).

Сама фамилия недвусмысленно указывает на происхождение от человека по имени или прозвищу Юган. Суффикс -ин — один из самых распространённых в русских фамилиях, он образовывал «притяжательные» фамилии от основ на -а, -я. То есть предок носителя фамилии Юганкин был либо Юганом, либо сыном Югана. В крестьянской среде такие фамилии закреплялись в XV–XVII веках, когда прозвища и уменьшительные формы имён становились наследственными.

Географически фамилия встречается в Поволжье, особенно в Самарской и Ульяновской областях, а также на Урале. В этих местах диалектные формы имени Иван вроде Юган были в ходу. Встречается она и в Сибири, что может быть связано с переселенцами из тех же регионов.

С точки зрения социального контекста, Юганкины — скорее всего, потомки крестьян или посадских людей. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано, а значит, фамилия осталась в народной среде, без привязки к гербам и чинам.

Если сравнивать с однокоренными, то Юганкин стоит в одном ряду с Югановым, Югаевым, Югиным. Разница только в суффиксе: -ов чаще давали от основ на согласный, а -ин — от основ на -а. Юганкин — именно «сын Югана», а не «из рода Югановых», что подчёркивает прямую наследственность по отцу.