Фамилия Юканкина — женская форма, а её основа, мужская фамилия Юканкин, образована по стандартной для русского севера и востока модели: от прозвища или имени через суффикс -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Юканкин буквально значит «сын Юканки» или «человек из семьи Юканки». Сама же основа Юканка — это либо уменьшительная форма крестильного имени, либо прозвище.

Скорее всего, в основе лежит имя Юка, которое является краткой формой от канонических имён Юрий, Юлиан или Ювеналий. В северных и сибирских говорах такие усечённые имена с добавлением ласкательного суффикса -анк- (Юк + анк + а) были обычным делом. Получается, что Юканка — это ласковое обращение к Юрию: примерно как «Юрочка», но на местный лад.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: прозвище Юканка могли дать человеку с беспокойным или «юлящим» характером. В некоторых диалектах слово «юкать» означало «беспокойно двигаться, суетиться». Однако эта гипотеза слабая, так как в фамилиях чаще закрепляются именно именные основы, а не глагольные прозвища с таким редким суффиксом.

Географически фамилия Юканкин тяготеет к Поволжью и Уралу, особенно к бассейну Камы. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — вероятно, родоначальник жил в одной из малых деревень Вятской или Пермской губернии, где и закрепилось его семейное прозвище. Сословно носители скорее всего были государственными крестьянами или мастеровыми, так как дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Особенность фамилии — сохранение мягкого произношения в основе (Юканкин, а не Юконкин). Это указывает на то, что в момент записи фамилии в ревизских сказках писарь точно передал местное произношение, не подгоняя его под литературную норму.